Jak interpretować wyniki testu genów BRCA1/2 i co to oznacza dla pacjentów?

W NINIEJSZYM ARTYKULE PORUSZONO NASTĘPUJĄCE ZAGADNIENIA:

• Przekazywanie raportów z wynikami testów

• Interpretacja wyników testów

• Analiza wyników sekwencjonowania dla testów BRCA1/2

• Klasyfikacja wariantów

Przekazywanie raportów z wynikami testów

Klasyfikacja i interpretacja kliniczna wariantów genetycznych jest złożona. Poniżej przedstawiamy najlepsze praktyki w zakresie opisywania wyników testów BRCA oraz interpretacji raportu z laboratorium biologii molekularnej.

Praktyki dotyczące interpretacji i raportowania wyników testów genetycznych oparte są na międzynarodowych standardach i wytycznych^1,2.

Interpretacja wyników testów

Wyniki testów genetycznych nie zawsze są proste, co często sprawia, że ich interpretacja stanowi wyzwanie. Z perspektywy klinicznej głównym celem badania jest ustalenie czy pacjent jest nosicielem patogennego lub prawdopodobnie patogennego wariantu mutacji, ponieważ wiedza ta może wpłynąć na dalsze postępowanie, a także na identyfikację ryzyka u członków jego rodziny.

Laboratoria biologii molekularnej oceniają potencjalną patogenność wariantów poprzez ocenę wszystkich istniejących dowodów. Warianty są klasyfikowane na podstawie szeregu narzędzi opartych na danych naukowych. Jeśli nie ma dowodów lub jest ich bardzo mało, aby z całą pewnością potwierdzić lub wykluczyć patogenność, wariant jest klasyfikowany jako wariant o nieznanym znaczeniu klinicznym (VUS – ang. variant of unknown significance)³.

Wariant VUS

Wynik VUS oznacza, że wariant nie został wcześniej opisany w literaturze lub znaczenie kliniczne jest niejasne w oparciu o aktualnie dostępne dowody. Decyzje dotyczące postępowania klinicznego powinny być oparte na wywiadzie pacjenta i rodzinnym.
Badania rodzinne mogą pomóc lepiej zrozumieć znaczenie kliniczne tego wariantu⁴.
Dzielenie się informacjami o zidentyfikowanych wariantach pozwala na efektywne przeklasyfikowanie VUS jako prawdopodobnie patogenne lub niepatogenne.
Zbieranie danych, dotyczących wariantów BRCA1/2 i ich znaczenia klinicznego z całego świata ma na celu zrozumienie genetyki oraz zwiększenie wiedzy na temat genetyki nowotworów BRCA-zależnych⁵.

Analiza wyników sekwencjonowania dla testów BRCA1/2

Wyniki badania BRCA1/2 muszą zostać zinterpretowane pod kątem określenia znaczenia klinicznego wszelkich wariantów znalezionych podczas badania. Klasyfikacja wariantów stanowi podstawę ustalenia ścieżki postępowania. Właściwa klasyfikacja wariantów ma zatem kluczowe znaczenie dla odpowiedniego prowadzenia pacjentów.⁶

Jak czytać wynik?

Wynik badania genetycznego zawsze powinien zostać omówiony z lekarzem.

Klasyfikacja wariantów

Proponowany system klasyfikacji IARC 5-TIER dla wariantów sekwencji zidentyfikowanych na podstawie badań genetycznych

Upewnij się, że Twoje badanie genetyczne zostało wykonane metodą NGS.

Wynik badania genetycznego powinien informować o tym, czy u badanej osoby wykryto konkretne mutacje oraz podawać ich charakterystykę. Dla lekarza interpretującego wynik badania, te informacje są podstawą do ustalenia planu postępowania.
5-stopniowa skala IARC jest powszechnie stosowana do klasyfikacji wariantów w genach
BRCA1/2 w oparciu na prawdopodobieństwie ich patogenności^7-9.