Jak interpretować wyniki testu genów BRCA1/2 i co to oznacza dla pacjentów?
W NINIEJSZYM ARTYKULE PORUSZONO NASTĘPUJĄCE ZAGADNIENIA:
-
Przekazywanie raportów z wynikami testów
-
Interpretacja wyników testów
-
Analiza wyników sekwencjonowania dla testów BRCA1/2
-
Klasyfikacja wariantów
Przekazywanie raportów z wynikami testów
Klasyfikacja i interpretacja kliniczna wariantów genetycznych jest złożona. Poniżej przedstawiamy najlepsze praktyki w zakresie opisywania wyników testów BRCA oraz interpretacji raportu z laboratorium biologii molekularnej.
Praktyki dotyczące interpretacji i raportowania wyników testów genetycznych oparte są na międzynarodowych standardach i wytycznych1,2.
Interpretacja wyników testów
Wyniki testów genetycznych nie zawsze są proste, co często sprawia, że ich interpretacja stanowi wyzwanie. Z perspektywy klinicznej głównym celem badania jest ustalenie czy pacjent jest nosicielem patogennego lub prawdopodobnie patogennego wariantu mutacji, ponieważ wiedza ta może wpłynąć na ustalenie dalszej ścieżki postępowania, a także na identyfikację ryzyka u członków jego rodziny.
Laboratoria biologii molekularnej oceniają potencjalną patogenność wariantów poprzez ocenę wszystkich istniejących dowodów. Warianty są klasyfikowane na podstawie szeregu narzędzi opartych na danych naukowych. Jeśli nie ma dowodów lub jest ich bardzo mało, aby z całą pewnością potwierdzić lub wykluczyć patogenność, wariant jest klasyfikowany jako wariant o nieznanym znaczeniu klinicznym (VUS – ang. variant of unknown significance). 3
Wariant VUS
Wynik VUS oznacza, że wariant nie został wcześniej opisany w literaturze lub znaczenie kliniczne jest niejasne w oparciu na aktualnie dostępnych dowodach. Decyzje dotyczące postępowania klinicznego powinny być oparte na wywiadzie pacjenta i rodzinnym.
Badania rodzinne mogą pomóc lepiej zrozumieć znaczenie kliniczne tego wariantu4.
Dzielenie się informacjami o zidentyfikowanych wariantach pozwala na efektywne przeklasyfikowanie VUS jako prawdopodobnie patogenne lub niepatogenne.
Zbieranie danych dotyczących wariantów BRCA1/2 i ich znaczenia klinicznego z całego świata ma na celu zrozumienie genetyki i zwiększenie wiedzy na temat genetyki nowotworów BRCA-zależnych5.
Analiza wyników sekwencjonowania dla testów BRCA1/2
Wyniki badania BRCA1/2 muszą zostać interpretowane pod kątem określenia znaczenia klinicznego wszelkich wariantów znalezionych podczas badania. Klasyfikacja wariantów stanowi podstawę do podejmowania decyzji klinicznych. Właściwa klasyfikacja wariantów ma zatem kluczowe znaczenie dla odpowiedniego prowadzenia pacjentów 6.
Wynik badania genetycznego zawsze powinien zostać omówiony z lekarzem.
Klasyfikacja wariantów
Proponowany system klasyfikacji IARC 5-TIER dla wariantów sekwencji zidentyfikowanych na podstawie badań genetycznych
Wynik badania genetycznego powinien informować o tym, czy u badanej osoby wykryto konkretne mutacje oraz podawać ich charakterystykę. Dla lekarza interpretującego wynik badania informacje te są podstawą do ustalenia planu postępowania.
5-stopniowa skala IARC jest powszechnie stosowana do klasyfikacji wariantów w genach BRCA1/2, w oparciu na prawdopodobieństwie ich patogenności 7-9.
Skróty i referencje:
NCCN – nie udziela żadnych gwarancji dotyczących zawartości wytycznych, ich wykorzystania lub zastosowania i zrzeka się odpowiedzialności za ich zastosowanie lub wykorzystanie w jakikolwiek sposób.
BRCA – gen raka piersi; DNA– kwas dezoksyrybonukleinowy; gBRCAm– germinalna mutacja BRCA;
IARC – Międzynarodowa Agencja Badań nad Rakiem; NGS– sekwencjonowanie następnej generacji;
NCCN – Narodowa Sieć ds. Nowotworów; VUS – wariant o nieznanym znaczeniu;
- NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology (NCCN Guidelines®) for Breast Cancer V6.2020. National Comprehensive Cancer Network, Inc. All rights reserved. Online: https://nccn.org [dostęp: 22.01.2024].
- Richards S et al. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med. 2015; 17: 405-423.
- Blueprint Genetics. A guide to understanding variant classification. Online: https://blueprintgenetics.com/resources/classify-genetic-variants-interpreting-patients-results/ [dostęp: 20.01.2024].
- Miller-Samuel S. et al. Variants of uncertain significance in breast cancer-related genes: Real-world implications for a clinical conundrum. Part one: Clinical genetics recommendations. Semin Oncol. 2011; 38: 469-480.
- BRCA Exchange. Online: http://brcaexchange.org/ [dostęp: 22.01.2024].
- Li MM et al. Standards and Guidelines for the Interpretation and Reporting of Sequence Variants in Cancer: A Joint Consensus Recommendation of the Association for Molecular Pathology, American Society of Clinical Oncology, and College of American Pathologists. J Mol Diagn. 2017; 19: 4-23.
- Plon SE et al. Sequence variant classification and reporting: recommendations for improving the interpretation of cancer susceptibility genetic test results. Hum Mutat. 2008; 29: 1282-1291.
- Wallis Y et al. Association for Clinical Genetic Science. Online: https://www.acgs.uk.com/media/10791/evaluation_and_reporting_of_sequence_variants_ bpgs_june_2013_-_finalpdf.pdf . [dostęp: 22.01.2024].
- Tavtigian SV et al. Classification of rare missense substitutions, using risk surfaces, with genetic- and molecular-epidemiology applications. Hum Mutat. 2008; 29(11); 1261-1264.
Dowiedz
się więcej
Dowiedz się czym dokładnie jest BRCA1/2 i co zrobić, aby
zadbać o siebie i bliskich.