Jak interpretować wynik testu BRCA?

W NINIEJSZYM ARTYKULE PORUSZONO NASTĘPUJĄCE ZAGADNIENIA:

• Przekazywanie raportów z wynikami testów

• Interpretacja wyników testów

• Jak wyglądają wyniki badań genetycznych

• Analiza wyników sekwencjonowania dla testów BRCA1/2

Przekazywanie raportów z wynikami testów

Klasyfikacja i interpretacja kliniczna wariantów genetycznych jest zawiła i złożona. Poniżej przedstawiamy najlepsze praktyki w zakresie opisywania wyników testów BRCA oraz opisujemy, jak onkolog może interpretować raport z laboratorium biologii molekularnej.

Interpretacja wyników testów

Istnieją standardy i wytyczne dotyczące najlepszych praktyk interpretacji wyników, w tym wytyczne NCCN dotyczące praktyki klinicznej w onkologii (Clinical Practice Guidelines in Oncology – NCCN Guidelines®) dotyczące raka piersi oraz standardy Amerykańskiego Towarzystwa Genetyki (American College of Medical Genetics and Genomics) (ACMG). Wytyczne te obejmują również najlepsze praktyki dotyczące raportowania wyników testów genetycznych^1,2.

Najważniejsze wskazówki dla patologów dotyczące tworzenia raportów BRCA >>

Ogólne zalecenia dotyczące raportowania wyników testów genetycznych³.

• Wyniki testu BRCA1/2 powinny być zwięzłe i jednoznaczne, aby zapewnić łatwość interpretacji.

• Terminy „pozytywny” i „negatywny” mogą być niejednoznaczne i nie należy ich używać.

• Raport powinien zawierać szczegóły dotyczące laboratorium, które wykonało test wraz z numerami.

• Jednoznaczne identyfikatory pacjentów muszą być również zawarte na każdej stronie wielostronicowego raportu.

• Zaleca się, aby wyniki dla każdego niepowiązanego pacjenta były zgłaszane w oddzielnym dokumencie.

Jak wyglądają wyniki badań genetycznych

Wyniki testów genetycznych nie zawsze są proste, co często sprawia, że ich interpretacja stanowi wyzwanie. W warunkach klinicznych głównym celem badania jest ustalenie czy pacjent jest nosicielem zdecydowanie patogennego lub prawdopodobnie patogennego danego genu, ponieważ wiedza ta może wpłynąć na dalsze postępowanie u pacjenta, a także na identyfikację ryzyka u członków jego rodziny.

Laboratoria biologii molekularnej oceniają potencjalną patogenność wariantów poprzez ocenę wszystkich istniejących dowodów. Warianty są klasyfikowane na podstawie szeregu narzędzi opartych na danych naukowych. Jeśli nie ma dowodów lub jest ich bardzo mało, aby z całą pewnością potwierdzić lub wykluczyć patogenność, wariant jest klasyfikowany jako wariant o nieznanym znaczeniu klinicznym (VUS)⁴.

Możliwe wyniki badań^4-6

Mutacja jest zdecydowanie patogenna lub prawdopodobnie patogenna:

• Zidentyfikowano mutację zdecydowanie patogenną lub prawdopodobnie patogenną – mówi się, że pacjentka jest „pozytywna” pod kątem mutacji w genach BRCA^5,7,8.

• Dostępne są wytyczne, wspierające decyzje kliniczne¹.

• Zobacz pełne wytyczne na stronie NCCN.org¹.

Zidentyfikowano mutację, która nie jest sklasyfikowana jako patogenna

• Zidentyfikowano mutację, ale nie ma ona znaczenia klinicznego⁷.

• W zależności od znalezionej mutacji, mogą być zalecane inne rodzaje badań genetycznych w celu określenia szerszego ryzyka^7,8.

Wykryto VUS

• Wykryto VUS. Pacjentka ma mutację w genach BRCA, ale konkretna mutacja nie została wcześniej sklasyfikowana jako patogenna lub prawdopodobnie patogenna⁷.

• Wynik VUS oznacza, że wariant nie został wcześniej opisany w literaturze lub znaczenie kliniczne jest niejasne, w oparciu na obecnie dostępnych dowodach⁷.

• Diagności molekularni powinni rejestrować wszelkie wyniki VUS, monitorować stan pacjenta, a także wykonać badania genetyczne u członków rodziny badanego, aby określić potencjalne ryzyko i dalsze postępowanie⁷.

Nie zidentyfikowano żadnej mutacji

• Nie zidentyfikowano żadnej zdecydowanie patogennej lub prawdopodobnie patogennej mutacji, pacjent nie ma żadnej mutacji w genach BRCA1/2^4,5.

• Pacjent może nadal mieć mutację w genie, który nie był poddany badaniu – należy omówić, czy pacjentka powinna poddać się szerszemu panelowi badań genetycznych w celu poszukiwania mutacji w innych genach⁷.

Wariant VUS

Wynik VUS oznacza, że wariant nie został wcześniej opisany w literaturze lub znaczenie kliniczne jest niejasne w oparciu na aktualnie dostępnych dowodach. Decyzje dotyczące postępowania medycznego powinny być oparte na wywiadzie osobistym i rodzinnym. Badania rodzinne mogą pomóc lepiej zrozumieć znaczenie kliniczne tego wariantu⁷.
VUS występuje u około 12% do 13% chorych na raka piersi badanych pod kątem statusu mutacji w genach BRCA1/2⁷.
Dzielenie się informacjami o wariantach pozwala na efektywne przeklasyfikowanie VUS, jako bardziej prawdopodobnie patogenne lub niepatogenne, aby wszelkie możliwe działania kliniczne były bardziej przejrzyste.
BRCA ma na celu pogłębienie naszego zrozumienia genetycznego podłoża raka piersi, raka jajnika i innych chorób poprzez gromadzenie danych dotyczących wariantów genetycznych w genach BRCA1/2 i odpowiadających im danych klinicznych z całego świata. Odwiedź brcaexchange.org, aby dowiedzieć się więcej⁹. Dostępne są również inne portale, takie jak BRCA Share¹⁰, Breast Cancer Information Core ¹¹ i ClinVar¹².

Analiza wyników sekwencjonowania dla testów BRCA1/2

Wyniki badania BRCA1/2 muszą zostać interpretowane pod kątem określenia znaczenia klinicznego wszelkich wariantów znalezionych podczas badania. W warunkach diagnostycznych klasyfikacja wariantów stanowi podstawę do podejmowania decyzji klinicznych. Właściwa klasyfikacja wariantów ma zatem kluczowe znaczenie dla właściwego prowadzenia pacjentów¹³.

5-stopniowa skala IARC jest powszechnie stosowana do klasyfikacji wariantów w genach BRCA 1/2, w oparciu na prawdopodobieństwie ich patogenności^14-16.